A funkcionális MRI az agyban a megnövekedett véráramláson alapul, amely az agykérgi neuronális aktivitásának növekedésével reagál a megfelelő inger hatásával. Az agyi aktivitás feltérképezése lehetővé teszi számunkra, hogy azonosítsuk a neuronális aktiváció területeit, amelyek a stimuláció (motor, érzékszervi és más ingerek) hatására keletkeznek.