A funkcionális MRI az agy véráramlásának növekedésén alapul, amely az agykéregben a neuronális aktivitás fokozódására adott válaszként jelentkezik, amikor az megfelelő ingernek van kitéve. Az agyi aktivitás feltérképezése lehetővé teszi számunkra, hogy azonosítsuk a neuronális aktiváció azon területeit, amelyek stimulációra (motoros, szenzoros és egyéb ingerekre) válaszul keletkeznek.