Az epeutak szövődményei a májátültetés után az esetek 10-20% -ában alakulnak ki. Ezek közé tartoznak a szűkületek, az epe, a fistula és a kolangitisz áramlása. Lehetnek anastomosis szűkületek miatt technikai hibák, lejárta miatt epe gyulladást és a fibrózist és szűkület, a nem anastomosis, anastomosis képződött fölött a kapu irányába a májnak okozott bizonyos esetekben ischaemia csatornák.