Az agytörzs a gerincvelő rostralis irányú folytatása. A köztük lévő feltételes határ az a hely, ahol az első nyaki gyökerek kilépnek, és ahol a piramiság elágazik. Az agytörzs hátsóagyra és középagyra oszlik. Az elsőbe tartozik a nyúltvelő, a híd és a kisagy. Folytatása a középagy, amely a négyfejű testekből és az agykocsányokból áll, és a diencephalont (talamusz, hipotalamusz, szubtalamusz) határolja.