A nyelőcső atréziája (Q39.0, Q39.1) a leggyakoribb malformáció az újszülöttkorban, és közvetlenül a születés után diagnosztizálódik. Az alább felsorolt malformációk később nyilvánulnak meg, gyakran az aspirációs tüdőgyulladás, a hypotrophia, a nyelőcsőgyulladás miatt.