A delta-ágenssel járó krónikus hepatitis B a legtöbb esetben súlyosabb lefolyású, mint a delta vírussal szövődménymentes hepatitis B. Bizonyítékok vannak arra, hogy a vírusfaktorok (genotípus) nagymértékben meghatározhatják a betegség lefolyását. Általánosságban elmondható, hogy a krónikus hepatitis B-vel és a vírusos hepatitis C-vel ellentétben, amelyekben a betegek legalább 70-50%-a májzsugorodás nélkül éli le életét, a krónikus vírusos hepatitis D-ben szenvedő betegek 100%-ánál a fertőzés pillanatától számított 15-30 éven belül kezelés hiányában elkerülhetetlenül májzsugorodás alakul ki.