A betegeket a kullancsencephalitis következő tünetei aggasztják: fejfájás, általános gyengeség, rossz közérzet, hidegrázás, hőérzet, izzadás, szédülés, szemfájdalom és fényérzékenység, étvágytalanság, izom-, csont-, gerinc-, felső és alsó végtag-, derék-, nyak- és ízületi fájdalom.