A meningococcus fertőzés kezelése a betegség klinikai formájától függ. Nasopharyngitis esetén a terápia tüneti. Ha a diagnózist bakterológiai használt benzilpenicillin, ampicillin, cefalosporinok I-II generációs, kloramfenikol, pefloxacin szekunder terápiás dózisban 3 napon. Ne alkalmazzunk ko-trimoxazolt, aminoglikozidokat, amelyekhez a jelenleg létező meningococcalis törzsek többsége stabil.