Kisgyermekeknél a pneumocisztózis klasszikus intersticiális tüdőgyulladásként jelentkezik, amely egyértelműen megfelel a kóros folyamat szakaszainak. A betegség fokozatosan kezdődik, a pneumocisztózis tipikus tünetei jelennek meg: a gyermek étvágya romlik, a súlygyarapodás megáll, a nasolabiális háromszög sápadtsága és cianózisa jelenik meg (különösen evés és sikítás közben), valamint enyhe köhögés.